CALCULATION OF THE STABILITY OF CANDIDATE VACCINES FOR THE PREVENTION OF DENGUE FEVER AND THEIR COMPLEXES WITH TOLL-LIKE RECEPTORS USING MOLECULAR DYNAMICS

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

Rational vaccine design requires not only the prediction of immunogenic epitopes, but also a careful assessment of the structural stability of candidates and their ability to effectively interact with innate immunity receptors. The stability of four candidate vaccines and their complexes with toll-like receptors was assessed using molecular dynamics modeling using the Gromacs-2023 software package. The structures of the complexes of the considered chimeric candidate proteins for the Dengue virus vaccine with extracellular domains (ectodomains) of human toll-like receptors TLR4 and TLR8 were obtained as a result of molecular docking performed by the ZDOCK server. The affinity of the complexes was evaluated using the PRODIGY server.

About the authors

A. A Chernyavsky

NRC "Kurchatov Institute"

Email: cherniavskii.aa@phystech.edu
Moscow, Russia

V. I Timofeev

NRC "Kurchatov Institute"

Moscow, Russia

A. A Tyulenev

NRC "Kurchatov Institute"

Moscow, Russia

A. S Ivanovsky

NRC "Kurchatov Institute"

Moscow, Russia

Yu. V Kordonskaya

NRC "Kurchatov Institute"

Moscow, Russia

M. A Marchenkova

NRC "Kurchatov Institute"; Southern Federal University

Moscow, Russia; Rostov-on-Don, Russia

Yu. V Pisarevsky

NRC "Kurchatov Institute"

Moscow, Russia

Yu. A Dyakova

NRC "Kurchatov Institute"

Moscow, Russia

References

  1. Pourzangiabadi M., Najafi H., Fallah A. et al. // Infect. Genet. Evol. 2025. V. 127. P. 105710. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2024.105710
  2. Parvizpour S., Pourseif M.M., Razmara J. et al. // Drug Discovery Today. 2020. V. 25. № 6. P. 1034. https://doi.org/10.1016/j.drudis.2020.03.006
  3. Tulenev A.A., Timofeev V.I., Chernyavsky A.A. et al. // Crystallography Reports. 2025. V. 70. № 3. P. 470. https://doi.org/10.1134/S1063774524602600
  4. Rakitina T.V., Smirnova E.V., Podshivalov D.D. et al. // Crystals. 2023. V. 13. № 10. P. 1416. https://doi.org/10.3390/cryst13101416
  5. Kato K., Nakayoshi T., Fukuyoshi S. et al. // Molecules. 2017. V. 22. № 10. P. 1716. https://doi.org/10.3390/molecules22101716
  6. Abass O.A., Timofeev V.I., Sarkar B. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2021. V. 40. № 16. P. 7283. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1896387
  7. Moin A.T., Singh G., Ahmed N. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2022. V. 41. № 3. P. 833. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.2014969
  8. El-Zayat S.R., Sibaii H., Mannaa F.A. // Bull. Natl. Res. Cent. 2019. V. 43. № 1. P. 187. https://doi.org/10.1186/s42269-019-0227-2
  9. Akira S., Takeda K., Kaisho T. // Nat. Immunol. 2001. V. 2. № 8. P. 675. https://doi.org/10.1038/90609
  10. Thada S., Horvath G.L., Müller M.M. et al. // Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. № 4. P. 1560. https://doi.org/10.3390/ijms22041560
  11. Agu P.C., Afiukwa C.A., Orji O.U. et al. // Sci. Rep. 2023. V. 13. № 1. P. 13398. https://doi.org/10.1038/s41598-023-40160-2
  12. Vakser I.A. // Biophys. J. 2014. V. 107. № 8. P. 1785. https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.08.033
  13. Paggi J.M., Pandit A., Dror R.O. // Annu. Rev. Biochem. 2024. V. 93. № 1. P. 389. https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-030222-120000
  14. Abramson J., Adler J., Dunger J. et al. // Nature. 2024. V. 630. P. 493. https://doi.org/10.1038/s41586-024-07487-w
  15. Choudhary P., Feng Z., Berrisford J. et al. // Database. 2024. V. 2024. P. baae041. https://doi.org/10.1093/database/baae041
  16. Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K. et al. // Proteins. 2010. V. 78. № 8. P. 1950. https://doi.org/10.1002/prot.22711
  17. Jorgensen W.L., Chandrasekhar J., Madura J.D. et al. // J. Chem. Phys. 1983. V. 79. № 2. P. 926. https://doi.org/10.1063/1.445869
  18. Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 98. № 12. P. 10089. https://doi.org/10.1063/1.464397
  19. Ke Q., Gong X., Liao S. et al. // J. Mol. Liq. 2022. V. 365. P. 120116. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.120116
  20. Bernetti M., Bussi G. // J. Chem. Phys. 2020. V. 153. № 11. P. 114107. https://doi.org/10.1063/5.0020514
  21. Bussi G., Donadio D., Parrinello M. // J. Chem Phys. 2007. V. 126. № 1. P. 014101. https://doi.org/10.1063/1.2408420
  22. Cuendet M.A., van Gunsteren W.F. // J. Chem. Phys. 2007. V. 127. № 18. P. 18410. https://doi.org/10.1063/1.2779878
  23. Pierce B.G., Wiehe K., Hwang H. et al. // Bioinformatics. 2014. V. 30. № 12. P. 1771. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu097
  24. Xue L.C., Rodrigues J.P., Kastritis P.L. et al. // Bioinformatics. 2016. V. 32. № 23. P. 3676. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw514

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2025 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».