Генетическое исследование музейного антропологического образца из городского захоронения Старой Рязани XI–XIII веков

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Старая Рязань занимает особое место в истории древнерусских городов, так как город был разрушен войсками хана Батыя в декабре 1237 г., после чего пришел в упадок и в XIV в. окончательно заброшен. Новый город был построен в другом месте. Исследования населения Старой Рязани с опорой на антропологические музейные коллекции, которые начали формироваться уже при первых раскопках этого памятника, позволяют оценить генетическую структуру городской популяции преимущественно домонгольского периода. В статье представлены результаты анализа одного образца из материалов, полученных в ходе раскопок А.В. Селиванова, который начал свое исследование в конце XIX в. Результаты антропологического и полногеномного анализов показали, что исследуемый образец принадлежал женщине. Реконструкция и анализ полной последовательности митохондриальной ДНК (мтДНК) показали ее принадлежность к западноевропейской гаплогруппе HV4a1a. Это первая находка данной митохондриальной гаплогруппы у средневекового населения Древней Руси. Обнаруженная материнская линия мтДНК в настоящее время является редкой и преимущественно распространена среди европейского населения Франко-Кантабрийского региона (территория севера Испании и юга Франции). Ближайшие совпадения по полной последовательности мтДНК (различие в одну нуклеотидную позицию) с исследуемым образцом были выявлены у современных представителей басков и одного индивида из Дании. Полученные результаты могут свидетельствовать о западноевропейском происхождении по материнской линии исследуемой женщины из средневековой Старой Рязани. Наше исследование является примером использования современных геномных методов для реконструкции индивидуальной истории людей, антропологические материалы которых представлены в музейных коллекциях. Кроме того, полученные результаты открывают новую информацию об особенностях формирования генетической структуры городского населения Древней Руси.

Об авторах

А. Д. Сошкина

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук

Email: andreeva@rogaevlab.ru
Москва, 119991 Россия

Т. В. Андреева

Научный центр генетики и наук о жизни, Университет «Сириус»; Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук; Центр генетики и генетических технологий, кафедра генетики, биологический факультет, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: andreeva@rogaevlab.ru
федеральная территория «Сириус», пгт. Сириус, 354340 Россия; Москва, 119991 Россия; Москва, 119234 Россия

С. С. Кунижева

Научный центр генетики и наук о жизни, Университет «Сириус»; Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук

Email: andreeva@rogaevlab.ru
федеральная территория «Сириус», пгт. Сириус, 354340 Россия; Москва, 119991 Россия

И. Ю. Адрианова

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук

Email: andreeva@rogaevlab.ru
Москва, 119991 Россия

А. Б. Малярчук

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук; Центр генетики и генетических технологий, кафедра генетики, биологический факультет, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: andreeva@rogaevlab.ru
Москва, 119991 Россия; Москва, 119234 Россия

П. Д. Манахов

Научно-исследовательский институт и музей антропологии им. Д.Н. Анучина, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: andreeva@rogaevlab.ru
Москва, 125009 Россия

А. П. Бужилова

Научно-исследовательский институт и музей антропологии им. Д.Н. Анучина, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: andreeva@rogaevlab.ru
Москва, 125009 Россия

И. Ю. Стрикалов

Институт археологии Российской академии наук

Email: andreeva@rogaevlab.ru
Москва, 117292 Россия

Е. И. Рогаев

Научный центр генетики и наук о жизни, Университет «Сириус»; Медицинская школа Чан Массачусетского университета, департамент психиатрии

Автор, ответственный за переписку.
Email: andreeva@rogaevlab.ru
федеральная территория «Сириус», пгт. Сириус, 354340 Россия; Шрусбери, 01545 США

Список литературы

  1. Монгайт А.Л. Старая Рязань // Матер. и исследования по археологии СССР. № 49. Матер. и исследования по археологии древнерусских городов. Т. IV. М.: Изд-во АН СССР, 1955. 228 с.
  2. Даркевич В.П., Борисевич Г.В. Древняя столица Рязанской земли: XI–XIII вв. М.: Кругъ, 1995. 448 с.
  3. Селиванов А.В. О раскопках в старой Рязани и в Ново-Ольговском городке. Рязань, 1890. 6 с.
  4. Андреева Т.В., Добровольская М.В., Седов Вл.В. и др. Люди из каменного саркофага № 11 Юрьева монастыря: генетическая история на основе митохондриальных геномов // КСИА. 2023. № 270. С. 418–437.
  5. Андреева Т.В., Малярчук А.Б., Григоренко А.П. и др. Археогенетический анализ индивида из захоронения с территории древнего Ярославского Кремля // КСИА. 2021. Вып. 265. С. 294–308.
  6. Andreeva T.V., Manakhov A.D., Gusev F.E. et al. Genomic analysis of a novel neanderthal from Mezmaiskaya Cave provides insights into the genetic relationships of Middle Palaeolithic populations // Sci. Reports. 2022. V. 12. P. 3016. https://doi.org/10.1038/s41598-022-16164-9
  7. Gansauge M.T., Gerber T., Glocke I. et al. Single-sranded DNA library peparation from highly degraded DNA uing T4 DNA ligase // Nucl. Acids Res. 2017. V. 45. I. 10. P. e79. https://doi.org/10.1093/nar/gkx033
  8. Schubert M., Lindgreen S., Orlando L. AdapterRemoval v2: Rapid adapter trimming, identification, and read merging // BMC Res. Notes. 2016. V. 12. № 9. P. 88. https://doi.org/10.1186/s13104-016-1900-2
  9. Li H., Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform // Bioinformatics. 2009. V. 25. № 14. P. 1754–1760. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324
  10. Jónsson H., Ginolhac A., Schubert M. et al. MapDamage 2.0: Fast approximate Bayesian estimates of ancient DNA damage parameters // Bioinformatics. 2013. V. 29. № 13. P. 1682–1684. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt193
  11. Anastasiadou K., Silva M., Booth T. et al. Detection of chromosomal aneuploidy in ancient genomes // Commun Biol. 2024. V. 7. № 1. P. 14. https://doi.org/10.1038/s42003-023-05642-z
  12. Weissensteiner H., Pacher D., Kloss-Brandstätter A. et al. HaploGrep 2: mitochondrial haplogroup classification in the era of high-throughput sequencing // Nucl. Acids Res. 2016. V. 44. P. 58–63. https://doi.org/10.1093/nar/gkw233
  13. GenBank [Электронный ресурс]. URL: www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank // (дата обращения: 15.05.2024).
  14. BLAST [Электронный ресурс]. URL: https://blast.ncbi. nlm.nih.gov (дата обращения: 15.05.2024).
  15. AmtDB [Электронный ресурс]. URL: AmtDB | About (дата обращения: 15.05.2024).
  16. YFull-MTree 1.02 [Электронный ресурс]. URL: https://www.yfull.com/mtree/ (дата обращения: 15.05.2024).
  17. Mallick S., Micco A., Mah M. et al. The allen ancient DNA resource (AADR) a curated compendium of ancient human genomes // Scientific Data. 2024. V. 11. № 1. P. 182. http://doi.org/10.1038/s41597-024-03031-7 URL:
  18. Eltsov.org [Электронный ресурс]. URL: http://eltsov.org (дата обращения: 15.05.2023).
  19. Takahashi K., Nei M. Efficiencies of fast algorithms of phylogenetic inference under the criteria of maximum parsimony, minimum evolution, and maximum likelihood when a large number of sequences are used // Mol. Biol. Evol. 2000. V. 17. № 8. P. 1251–1258.
  20. http://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026408 http://www.phylotree.org (дата обращения: 15.05.2024).
  21. Robinson J.T., Thorvaldsdóttir H., Winckler W. et al Integrative Genomics Viewer // Nat. Biotechnol. 2011. V. 29. № 1. P. 24–26. http://doi.org/10.1038/nbt.1754
  22. GnomAD v 4.1.0 [Электронный ресурс]. URL: https://gnomad.broadinstitute.org (дата обращения: 15.05.2024).
  23. Soares P., Ermini L, Thomson N. et al. Correcting for purifying selection: An improved human mitochondrial molecular clock // Am. J. Hum. Genet. 2009. V. 84. P. 740–759. http://doi.org/10.1016/j.ajhg.2009.05.001
  24. De Fanti S., Barbieri C., Sarno S. et al. Fine dissection of human mitochondrial DNA haplogroup HV lineages reveals paleolithic signatures from European glacial refugia // PLoS One. 2015. V. 10. № 12. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0144391
  25. Gómez-Carballa A., Olivieri A., Behar D.M. et al. Genetic continuity in the Franco-Cantabrian region: New clues from autochthonous mitogenomes // PLoS One. 2012. V. 7. № 3. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0032851
  26. Cardoso S., Valverde L., Alfonso-Sánchez M.A. et al. The expanded mtDNA phylogeny of the Franco-Cantabrian region upholds the pre-neolithic genetic substrate of Basques // PLoS One. 2013. V. 8. № 7. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067835
  27. García O., Fregel R., Larruga J. et al. Using mitochondrial DNA to test the hypothesis of a European post-glacial human recolonization from the Franco-Cantabrian refuge // Heredity. 2011. V. 106. P. 37–45. http://doi.org/10.1038/hdy.2010.47
  28. García Ó., Alonso S., Huber N. et al. Forensically relevant phylogeographic evaluation of mitogenome variation in the Basque Country. // Forensic Sci. Int. Genet. 2020. V. 46. http://doi.org/10.1016/j.fsigen.2020.102260
  29. Cardoso S., Valverde L., Alfonso-Sánchez M.A. et al. The expanded mtDNA phylogeny of the Franco-Cantabrian region upholds the pre-neolithic genetic substrate of Basques // PLoS One. 2013. V. 8. № 7. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067835.
  30. Olalde I., Brace S., Allentoft M. et al. The Beaker phenomenon and the genomic transformation of northwest Europe // Nature. 2018. V. 555. P. 190–196. http://doi.org/10.1038/nature25738
  31. Gnecchi-Ruscone G.A., Szécsényi-Nagy A., Koncz I. et al. Ancient genomes reveal origin and rapid trans-Eurasian migration of 7th century Avar elites // Cell. 2022. V. 185. № 8. P. 1402–1413. http://doi.org/10.1016/j.cell.2022.03.007
  32. Lazaridis I., Alpaslan-Roodenberg S., Acar A. et al. The genetic history of the Southern Arc: A bridge between West Asia and Europe // Science. 2022. V. 377. http://doi.org/10.1126/science.abm4247
  33. Лихачев Д.С. Великое наследие // Избр. работы в трех томах. Том 2. Л.: Худож. лит.-ра, 1987. С. 154–227.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».