Тестирование микросателлитных локусов крыжовника на черной и красной смородине

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Одиннадцать микросателлитных маркеров, ранее разработанных на основании сиквенсов крыжовника, были протестированы на красной и черной смородине. В результате все микросателлитные локусы амплифицировали на представителях смородины черной, а на представителях смородины красной в трех локусах не было амплификации (RucANS, RucDFR2-1, RucDFR1-3). Выявлены полиморфные локусы как для черной, так и для красной смородины. В локусе MTT-7 у исследуемых генотипов черной смородины наблюдается амплификация трех фрагментов, возможно, данный локус дублицирован. При этом на красной смородине в локусе MTT-7 наблюдается амплификация, типичная для монолокусного микросателлита. Локусы RucHLH-1 и RucUFGT были протестированы на гибридной семье смородины красной (Белая Потапенко × 1426-21-80). Путем генетического картирования установлена локализация локуса RucHLH-1 на группе сцепления 4 в геноме красной смородины и локализация RucUFGT (предположительно) на группе сцепления 1. Набор микросателлитных локусов для рода Смородина на данный момент ограничен. В данной работе показано, что часть SSR-маркеров, разработанных на крыжовнике, амплифицируются и выявляют полиморфизм и на смородине тоже, а также могут быть использованы для исследований как черной, так и красной смородины.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. В. Пикунова

Всероссийский научно-исследовательский институт селекции плодовых культур

Автор, ответственный за переписку.
Email: pikuanna84@mail.ru
Россия, Орловская область, п/о Жилина, 302530

А. А. Павленко

Всероссийский научно-исследовательский институт селекции плодовых культур

Email: pikuanna84@mail.ru
Россия, Орловская область, п/о Жилина, 302530

М. А. Должикова

Всероссийский научно-исследовательский институт селекции плодовых культур

Email: pikuanna84@mail.ru
Россия, Орловская область, п/о Жилина, 302530

О. Д. Голяева

Всероссийский научно-исследовательский институт селекции плодовых культур

Email: pikuanna84@mail.ru
Россия, Орловская область, п/о Жилина, 302530

С. Д. Князев

Всероссийский научно-исследовательский институт селекции плодовых культур

Email: pikuanna84@mail.ru
Россия, Орловская область, п/о Жилина, 302530

Список литературы

  1. Vieira M.L., Santini L., Diniz A.L., Munhoz C.D. Microsatellite markers: What they mean and why they are so useful // Genet. Mol. Biol. 2016. V. 4. № 39. P. 312–328. https://doi.org/10.1590/1678-4685-GMB-2016-0027
  2. Brennan R., Jorgensen L., Woodhead M., Russell J. Development and characterization of SSR markers in Ribes species // Mol. Ecol. 2002. V. 2. № 3. P. 327–330. https://doi.org/10.1046/j.1471-8286.2002.00233.х
  3. Brennan R., Jorgensen L., Hackett C. et al. The development of a genetic linkage map of blackcurrant (Ribes nigrum L.) and the identification of regions associated with key fruit quality and agronomic traits // Euphytica. 2008. V. 161. P. 19–34. https://doi.org/10.1007/s10681-007-9412-8
  4. Пикунова А.В, Горюнова С.В, Горюнов Д.В. Генетическая карта смородины красной (Ribes rubrum L.), построенная с применением SSR и SNP ДНК-маркеров // Генетика. 2020. V. 56. № 11. С. 1340–1344. https://doi.org/10.31857/S0016675820100100
  5. Kalia R.K., Rai M.K., Kalia S. et al. Microsatellite markers: An overview of the recent progress in plants // Euphytica. 2011. V. 177. № 3. P. 309–334. https://doi.org/10.1007/s10681-010-0286-9
  6. Князев С.Д., Огольцова Т.П. Селекция смородины черной на современном этапе. Орел: Изд-во ОрелГАУ, 2004. 238 с.
  7. Janczewski E. Monograph of the currants Ribes L. // Mem. Soc. Phys. Hist. Nat. Geneve. 1907. V. 35. P. 199–517.
  8. Berger A. A taxonomic review of currants and gooseberries // N.Y. Agric. Exptl Sta. Techn. Bull. 1924. V. 109. P. 1–118.
  9. Doyle J.J., Doyle J.L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue // Phytochem. Bull. 1987. V. 19. P. 11–15.
  10. Antonius K., Karhu S., Kaldm H. et al. Development of the Northern European Ribes core collection based on a microsatellite (SSR) marker diversity analysis // Plant Genet. Res.: Characterization and Utilization. 2012. V. 10. P. 70–73. https://doi.org/10.1017/S1479262111000980
  11. Vidyagina E.O., Lebedev V.G., Subbotina N.M. The development of the genic SSR markers for analysis of genetic diversity in gooseberry cultivars // Agronomy. 2021. V. 11. № 6. https://doi.org/10.3390/agronomy11061050
  12. Peakall R., Smouse P.E. GenAlEx 6.5: Genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research — an update // Bioinformatics. 2012. V. 28. Р. 2537–2539. https: 10.1111/j.1471- 8286.2005.01155.x
  13. Пикунова А.В., Мартиросян Е.В., Князев С.Д., Рыжова Н.Н. Применение RAPD-анализа для изучения генетического полиморфизма и филогенетических связей у представителей рода Ribes L // Экол. генетика. 2011. Т. 9. № 2. С. 34–44.
  14. Pikunova A., Goryunova S., Goryunov D. Genetic diversity and pedigree analysis of red currant germplasm // Plants. 2022. V. 11. № 13. https://doi.org/10.3390/plants11131623

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Генетическая карта группы сцепления 4 смородины красной и локализация на ней локуса RucHLH-1 (указан стрелкой).

Скачать (175KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».