Sequencing and Annotation of the Chloroplast Genome of Triticum militinae – a “Natural Mutant” of Tetraploid Wheat Triticum timopheevii Zhuk.

Capa

Citar

Texto integral

Acesso aberto Acesso aberto
Acesso é fechado Acesso está concedido
Acesso é fechado Somente assinantes

Resumo

Triticum militinae Zhuk. et Migusch. – tetraploid wheat with the GAA genome, considered a natural naked mutant of T. timopheevii Zhuk. Previously, experiments were conducted for this wheat to study the karyotype and crossing characteristics. To clarify its origin and relationship with other representatives of the wheat family, analysis of the chloroplast genome of T. militinae, which has previously remained unstudied, is of great interest. The sucrose gradient method was used to isolate chloroplast DNA from leaves. Sequencing was performed using the FASTASeq 300 Sequencing Kit V1.0 100 M reads/flow cell on a Genolab M sequencer (GeneMind, China). For the first time, we sequenced and annotated the complete chloroplast genome of T. militinae with a size of 135898 bp. In the structure of the plastid genome there are a pair of inverted repeats with a size of 21552 bp each, the region of a small single copy (SSC) – 12791 bp and the region of a large single copy (LSC) – 80003 bp. As part of the chloroplast genome of T. militinae 132 structural genes were found, of which 85 protein-coding genes, 31 tRNAs and 4 rRNA genes.

Texto integral

Acesso é fechado

Sobre autores

A. Kuluev

Institute of Biochemistry and Genetics – Subdivision of the Federal State Budgetary Scientific Institution of the Ufa Federal Research Center of the Russian Academy of Sciences

Autor responsável pela correspondência
Email: kuluev.azat91@yandex.ru
Rússia, Ufa, 450054

R. Matniyazov

Institute of Biochemistry and Genetics – Subdivision of the Federal State Budgetary Scientific Institution of the Ufa Federal Research Center of the Russian Academy of Sciences

Email: kuluev.azat91@yandex.ru
Rússia, Ufa, 450054

B. Kuluev

Institute of Biochemistry and Genetics – Subdivision of the Federal State Budgetary Scientific Institution of the Ufa Federal Research Center of the Russian Academy of Sciences

Email: kuluev.azat91@yandex.ru
Rússia, Ufa, 450054

L. Privalov

Institute of Biochemistry and Genetics – Subdivision of the Federal State Budgetary Scientific Institution of the Ufa Federal Research Center of the Russian Academy of Sciences

Email: kuluev.azat91@yandex.ru
Rússia, Ufa, 450054

A. Chemeris

Institute of Biochemistry and Genetics – Subdivision of the Federal State Budgetary Scientific Institution of the Ufa Federal Research Center of the Russian Academy of Sciences

Email: kuluev.azat91@yandex.ru
Rússia, Ufa, 450054

Bibliografia

  1. Жуковский П.М., Мигушова Э.Ф. Наиболее высокоиммунный эндемичный генофонд для выведения устойчивых сортов пшеницы путем отдаленной гибридизации // Вестник с.-х. наук. 1969. № 2. С. 9–20.
  2. Кулуев А.Р., Матниязов Р.Т., Кулуев Б.Р., Чемерис А.В. Triticum militinae Zhuk. et Migusch. – точно не мутант T. timopheevii Zhuk., как считалось долгие годы // Biomics. 2023. V. 15. № 3. P. 213–217. https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2023-19
  3. Наврузбеков Н.А. К происхождению Triticum militinae Zhuk. et Migusch. // Ботанические и генетические ресурсы флоры Дагестана. Махачкала: Даг. фил. АН СССР, 1981. С. 121–122.
  4. Shi C., Hu N., Huang H. et al. An improved chloroplast DNA extraction procedure for whole plastid genome sequencing // PLoS One. 2012. V. 7. № 2. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031468
  5. Graham D.E. The isolation of high molecular weight DNA from whole organisms of large tissue masses // Anal. Biochem. 1978. V. 78. P. 673–678.
  6. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics. 2014. V. 30. P. 2114–2120. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170
  7. Wu P., Xu C., Chen H. et al. NOVOWrap: An automated solution for plastid genome assembly and structure standardization // Mol. Ecol. Res. 2021. V. 21(6). P. 2177–2186. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13410
  8. Shi L., Chen H., Jiang M. et al. CPGAVAS2, an integrated plastome sequence annotator and analyzer // Nucl. Acids Res. 2019. V. 47. P. W65–W73. https://doi.org/10.1093/nar/gkz345
  9. Greiner S., Lehwark P., Bock R. Organellar Genome DRAW (OGDRAW) version 1.3.1: expanded toolkit for the graphical visualization of organellar genomes // Nucl. Acids. Res. 2019. V. 47. P. W59–W64.

Arquivos suplementares

Arquivos suplementares
Ação
1. JATS XML
2. Fig. 1. Representation of the chloroplast genome of T. militinae var. albimilitinae k-59942 as a ring. Plastome visualization was performed using the OGDRAW resource. Genes are shown in different colors, the gray circle in the middle shows the level of GC sites. IRA is the inverted repeat region A, IRB is the inverted repeat region B. Genes located outside the outer circle are transcribed clockwise, and genes located inside are transcribed counterclockwise.

Baixar (498KB)

Declaração de direitos autorais © Russian Academy of Sciences, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».